隨著美俄蜜月期的結(jié)束，美國的導彈防御能力建設(shè)再度困擾美俄關(guān)系。美俄圍繞美國導彈防御能力建設(shè)展開了較長時間的談判。美俄談判的核心議題是：冷戰(zhàn)結(jié)束后，《反導條約》是否應(yīng)該繼續(xù)存在下去；如何區(qū)分戰(zhàn)區(qū)導彈防御系統(tǒng)（TMD）和國家導彈防御系統(tǒng)（NMD）；是否修改《反導條約》以允許美國部署國家導彈防御系統(tǒng)等。經(jīng)過艱苦談判，雙方在1997年大致在區(qū)分低層戰(zhàn)區(qū)導彈防御系統(tǒng)和高層戰(zhàn)區(qū)導彈防御系統(tǒng)問題上達成了妥協(xié)，但雙方有關(guān)《反導條約》的爭議始終沒有解決。

美俄在地區(qū)問題上的分歧逐漸增加，這包括美國反對俄羅斯向印度提供火箭引擎及其技術(shù)、俄羅斯向伊朗提供核潛艇、俄羅斯從波羅的海撤出軍隊、北約以軍事力量介入南斯拉夫危機等，但真正深刻影響美俄關(guān)系轉(zhuǎn)型的是北約東擴。

冷戰(zhàn)臨近結(jié)束之時，華沙條約組織宣布解散，但與之相對的北大西洋公約組織并沒有隨著冷戰(zhàn)的結(jié)束而宣布解散。自1992年起，波蘭等東歐國家相繼提出加入北約的請求，克林頓政府積極推動北約東擴，1996年北約公布東擴計劃研究報告，并在次年決定首批接納波蘭、捷克和匈牙利加入北約，1999年三國正式成為北約新成員國。雖然美國協(xié)同北約國家試圖建構(gòu)以北約為軸心的地區(qū)安全架構(gòu)，并采取了一些措施緩解俄羅斯的憂慮，包括1994年1月北約通過中東歐國家以及俄羅斯建立和平伙伴關(guān)系的計劃，俄羅斯后來加入北約和平伙伴計劃，但仍然極力反對北約東擴；克林頓政府還邀請俄羅斯加入了七國集團。但是，北約東擴所涉的國家為前華約成員國，所涉及的地區(qū)屬于俄羅斯的“勢力范圍”。北約東擴本身相當于給俄羅斯釋放了非常消極的信號，即北約仍然沒有改變防范俄羅斯的核心本質(zhì)，并且開始蠶食俄羅斯的地緣戰(zhàn)略空間。1999年4月，俄羅斯拒絕出席北約成員國以及和平伙伴關(guān)系計劃的國家首腦會議，并對北約轟炸南聯(lián)盟提出了強烈抗議。

從蘇聯(lián)解體、俄羅斯獨立到葉利欽主政時期結(jié)束，這是美俄關(guān)系從冷戰(zhàn)時期到冷戰(zhàn)結(jié)束后的過渡階段，這一時期與老布什政府執(zhí)政后期以及克林頓總統(tǒng)的兩個任期大致重疊。冷戰(zhàn)結(jié)束之初，美俄均有意實現(xiàn)雙邊關(guān)系的轉(zhuǎn)型，但短暫蜜月期結(jié)束后，美俄在進行有限合作的同時，雙邊關(guān)系中的對抗色彩逐漸萌芽。

美俄關(guān)系從“冷和平”走向“新”冷戰(zhàn)：2001～2016

在1991年到1992年、1993年到2000年兩個階段，美俄均有重構(gòu)雙邊關(guān)系的意愿和嘗試，但彼此認知錯位和博弈慣性導致葉利欽時代的美俄關(guān)系從蜜月期進入有限合作和節(jié)制對抗的階段。隨著普京總統(tǒng)接掌俄羅斯，美俄關(guān)系逐漸回歸戰(zhàn)略博弈時期，雙邊關(guān)系中的冷戰(zhàn)要素漸次呈現(xiàn)，在奧巴馬總統(tǒng)兩個任期結(jié)束的時候，美俄關(guān)系已經(jīng)呈現(xiàn)出滑向“新”冷戰(zhàn)的態(tài)勢。